Penguraian Edman ialah tindak balas yang sangat penting dalam penjujukan protein, kerana ia membolehkan komposisi asid amino tersusun bagi protein ditemui. Penjujukan Edman automatik kini digunakan secara meluas, dan mampu menyusun peptida sehingga lebih kurang 50 asid amino panjang. Tatacara tindak balas penjujukan protein oleh degradasi Edman adalah seperti yang berikut; beberapa langkah dihuraikan seterusnya.

1. Putuskan sebarang ikatan disulfida dalam protein dengan agen penurunan seperti 2-merkaptoetanol. Kumpulan pelindung seperti asid iodoasetik mungkin diperlukan untuk mengelakkan ikatan daripada terbentuk semula.
2. Pisahkan dan bersihkan rantai individu kompleks protein, jika terdapat lebih daripada satu.
3. Tentukan komposisi asid amino setiap rantai.
4. Tentukan asid amino terminal setiap rantai.
5. Pecahkan setiap rantai kepada serpihan di bawah 50 asid amino panjang.
6. Pisahkan dan bersihkan serpihan.
7. Tentukan urutan setiap serpihan.
8. Ulang dengan corak belahan yang berbeza.
9. Bina urutan keseluruhan protein.

Pemutusan peptida

Peptida yang lebih panjang daripada kira-kira 50–70 asid amino tidak boleh dijujukan dengan pasti oleh degradasi Edman. Oleh kerana itu, rantai protein yang panjang perlu dipecahkan kepada serpihan kecil yang kemudiannya boleh dijujukan secara individu. Pemutusan ini dilakukan sama ada oleh endopeptidase seperti tripsin atau pepsin atau oleh reagen kimia seperti sianogen bromide. Enzim yang berbeza memberikan corak belahan yang berbeza, dan pertindihan antara serpihan boleh digunakan untuk membina jujukan keseluruhan.